一、 充分索取載明買受人名稱、統一編號及載有稅額之進項憑證，除加值型及  非加值型營業稅法第19條規定不得扣抵之進項稅額以外，可依法申報扣抵。
(一)採自動報繳營業人：
    1、 購買貨物或勞務時，所取得載有營業稅額之統一發票扣抵聯。
    2、 視為銷售貨物或勞務者，所自行開立載有營業稅額之統一發票扣抵聯。
    3、 載有營業人統一編號及營業稅額之電子發票證明聯。
    4、 其他經財政部核定載有營業稅額之憑證或影本。
購買貨物或勞務時如未能充分取得載明買受人名稱、地址、統一編號及載有稅額之進項憑證並依法申報扣抵銷項稅額，則營業人除將自行吸收該進項稅款外，且於申報營利事業所得稅時，亦不能作為費用列支，形成雙重損失。
(二)採查定課徵營業人：
採查定計算營業稅額之營業人，購買營業上使用之貨物或勞務，取得載有營業稅額之憑證，並依規定申報者，主管稽徵機關應按其進項稅額百分之十，在查定稅額內扣減。是以經主管稽徵機關核定依查定之銷售額按稅率計算營業稅額之農產品批發市場承銷人、銷售農產品之小規模營業人、小規模營業人、依法取得從事按摩資格之視覺功能障礙者經營，且全部由視覺功能障礙者提供按摩勞務之按摩業，及其他經財政部規定免予申報銷售額之營業人，應儘量取得載有稅額之進項憑證，並分別於1月、4月、7月、10月之5日前，檢具當期各月份進項憑證向主管稽徵機關申報，以減輕營業稅負擔。逾上開期限申報或非當期各月份進項憑證，不得扣減查定稅額。前項申報憑證其進項稅額百分之十超過查定稅額者，次期得繼續扣減。
二、銀行業、保險業、信託投資業經營非專屬本業之銷售額部分得申請改採一般計稅方式計算營業稅。
銀行業、保險業、信託投資業之營業人，係按其銷售額依規定之稅率計算繳納營業稅，其進項稅額並不能扣抵或退還。但上述營業人如兼營倉庫、保管箱、機器出租、發行信用卡及其他非專屬本業之銷售收入，與其他行業營業人之銷售收入性質相同，是以是類營業人得就此部分銷售收入申請改依一般計稅方式計算營業稅額，以享受進項稅額扣抵銷項稅額之權利。但經核准後3年內不得申請變更計稅方式。
三、放棄免稅。
依稅法規定，銷售免稅貨物或勞務之營業人，其進項稅額不得扣抵銷項稅額，則下一手銷售時將按全額課稅，其產品價格及市場競爭力將發生變化，是以銷售免稅貨物或勞務之營業人，得就其本身之營運情形，考慮申請放棄適用免稅規定。但經核准後3年內不得變更。
四、申請退稅。
(一)營業人申報之下列溢付稅額，得向所在地主管稽徵機關申請退還：
    1、 因銷售適用零稅率貨物或勞務而溢付之營業稅。
    2、 因取得固定資產而溢付之營業稅。
    3、 因合併、轉讓、解散或廢止申請註銷登記者，其溢付之營業稅。
       前項以外之溢付稅額，應由營業人留抵應納營業稅，但情形特殊者，得報經財政部核准退還之。
(二)外銷比率較高之營業人應掌握早申報早退稅原則。
採一般計稅之營業人其營業稅原則上係以每二月為一期，於次期開始15日內申報，但營業人銷售貨物或勞務適用零稅率者，得申請以每月為一期，於次月15日前申報銷售額、應納或溢付營業稅額，因此，營業人如因銷售適用零稅率之貨物或勞務，各期經常有溢付稅額者，可申請按月申報，以提前取得退稅款，增加資金週轉能力。