一、繳稅方式
納稅義務人辦理綜合所得稅結算申報，如有應自行繳納稅款（含稅額試算服務），稅款繳納的方式可分成：
 (一)臨櫃繳納：
   1.代收稅款金融機構繳納（郵局不代收）：請持以綜合所得稅電子結算申報繳稅系統或至財政部稅務入口網(https://www.etax.nat.gov.tw)自行登錄列印附有條碼的繳款書，或稽徵機關寄發綜合所得稅結算申報稅額試算通知書時，一併寄送之附條碼繳款書或至稽徵機關索取並填妥自行繳納稅額繳款書，向各代收稅款金融機構以現金或票據繳納。以票據繳稅者應先向金融機構辦理票據交換【票據正面受款人處請填註「限繳稅款」，且發票日應未逾當年度法定（或順延）結算申報截止日；又票據發票人如非納稅義務人時，納稅義務人應於票據背面背書】，稅款完納後，請將繳款書證明聯附於申報書（採網路申報及適用稅額試算回復者免檢附），辦理申報。
   2.便利商店繳納（應繳納稅額3萬元以下）：採稅額試算服務辦理結算申報者，可持國稅局寄送之附條碼繳款書；自行辦理結算申報者，可持以綜合所得稅電子結算申報繳稅系統或至財政部稅務入口網(https://www.etax.nat.gov.tw)自行登錄列印之附條碼繳款書，或持便利商店多媒體資訊機列印之繳納單(限國人納稅義務人)，向統一（7-11）、全家、萊爾富、來來（OK）等便利商店繳納後，將繳款書(繳納單)證明聯附於申報書（採網路申報及適用稅額試算回復者免檢附），辦理申報。稅額3萬元以下之稅額試算案件，亦得以自然人憑證、已註冊之健保卡或行動自然人憑證為通行碼，利用便利商店多媒體資訊機查詢列印繳納單，至櫃檯繳納。
 (二)利用繳稅取款委託書繳納：
可利用申報戶納稅義務人、配偶或申報受扶養親屬中其中一人在郵局之存簿儲金、劃撥儲金或金融機構（包括銀行、信用合作社、農、漁會信用部等）之支票存款、活期存款、活期儲蓄存款、綜合存款或在外商銀行開立之新臺幣存款帳戶，填妥繳稅取款委託書或稅額試算服務專用繳稅取款委託書（非金融機構取款條），並蓋妥存款印鑑章（如原存款人簽名者請簽名）後，以法定結算申報截止日為提款日，國稅局將就納稅義務人填妥之繳稅取款委託書中應自行繳納稅額範圍進行提兌，請預留足額存款以備提兌（如存款不足者，就存款餘額先行提兌）。但採用網際網路申報及稅額試算線上登錄回復者，僅限以申報戶納稅義務人或配偶的金融機構或郵局存款帳戶委託轉帳繳納稅款。採用網際網路申報、二維條碼申報及稅額試算線上登錄回復者，免填寫繳稅取款委託書及稅額試算專用繳稅取款委託書。
(三)以自動櫃員機轉帳繳納：
利用金融機構或郵局有「跨行：提款＋轉帳＋繳稅」的自動櫃員機轉帳繳稅，免填繳款書，但應將轉帳繳納交易明細表附於申報書（採網路申報及適用稅額試算回復者免檢附），辦理申報。繳稅操作方式請至財政部稅務入口網（https://www.etax.nat.gov.tw）/線上服務/電子申報繳稅服務/自動櫃員機轉帳繳稅項下查詢。
 (四)利用信用卡繳納：
1.限以申報戶內納稅義務人或配偶名義持有的信用卡（每一申報戶以1張信用卡為限）辦理，輸入持卡人信用卡卡號及有效期限、身分證統一編號、應自繳稅額，取得發卡機構核發的授權號碼。
   (1)採人工申報者：透過電話語音(412-1366，電話號碼5碼地區及國內行動電話請於上開號碼前加撥區域號碼02或04，服務代碼輸入166#)，或至網路繳稅服務網站(https://paytax.nat.gov.tw)取得發卡機構核發的授權號碼，填載於結算申報書。
   (2)採二維條碼申報者：請將電話語音(電話同上)或網路繳稅服務網站(https://paytax.nat.gov.tw)取得之授權號碼鍵入於申報軟體。
   (3)採網路申報者：經由綜合所得稅電子結算申報繳稅系統檢核及連結取得授權資料。
   (4)適用稅額試算服務者：可透過財政部電子申報繳稅服務網站 (https://tax.nat.gov.tw)稅額試算服務線上登錄系統，或以電話語音(電話號碼同上)或至網路繳稅服務網(https://paytax.nat.gov.tw)取得授權號碼。
   2.電話語音或網際網路無法取得授權時，得於信用卡繳稅截止時間前，於營業時間內逕洽發卡機構以人工授權方式取得授權號碼。
   3.取得授權後，即完成以信用卡繳稅作業，如繳稅金額或納稅義務人有變動，納稅義務人可於法定結算申報截止日前，於營業時間內向發卡機構申請取消授權，並於次一營業日透過電話語音或網際網路查詢確認授權已取消；惟納稅義務人於結算申報截止日前，仍得再次申請授權以信用卡繳稅。如無法重新取得授權，請改以其他方式繳納稅款。
※信用卡取消授權後，於繳稅截止時間前重新取得授權者，請留意重新取得之授權時間、授權碼及授權金額是否已更新，避免誤認已重新取得授權。
4.使用信用卡繳納稅款是否需支付發卡機構服務費，請先洽各發卡機構。
(五)晶片金融卡繳納：
    利用本人或他人持有郵局或已參與晶片金融卡網際網路繳稅作業的金融機構所核發晶片金融卡，安裝讀卡機（與自然人憑證讀卡機同），透過綜合所得稅電子結算申報繳稅系統或至網路繳稅服務網站(https://paytax.nat.gov.tw)即時轉帳繳稅。
※查詢參與晶片金融卡網際網路繳稅作業的金融機構，請至網路繳稅服務網站(https://paytax.nat.gov.tw)。
(六)活期（儲蓄）存款帳戶轉帳繳納：
納稅義務人以自然人憑證、其他經財政部審核通過之電子憑證、已註冊之健保卡或行動自然人憑證辦理網路結算申報，或透過財政部電子申報繳稅服務網站辦理稅額試算線上登錄回復，可利用本人之活期（儲蓄）存款帳戶，即時扣款轉帳繳稅。 
(七)行動支付工具繳納：可利用開辦「行動支付工具」繳稅業者之APP，以信用卡或晶片金融卡繳納稅款。
(八)電子支付帳戶轉帳繳納：使用本人或他人於電子支付機構註冊開立之電子支付帳戶，透過行動裝置應用程式(APP)進行即時繳納稅款。有關電子支付帳戶交易限額等相關問題請洽各電子支付機構。
＊逾期辦理申報案件，僅得向代收稅款金融機構繳納（郵局不代收）。
二、退稅方式 
 (一)為便利退稅款的領取，有下列2種退稅方式：
1.利用存款帳戶退稅：
不論是利用網路申報、稅額試算退稅確認申報書、二維條碼申報或人工填寫結算申報書，都可利用納稅義務人、配偶或申報受扶養親屬在郵局之存簿儲金、劃撥儲金或已參與金資連線之金融機構（包括銀行、信用合作社、農漁會信用部等）之支票存款、活期存款、活期儲蓄存款、綜合存款或在外商銀行開立之新臺幣存款帳戶（屬公教人員開立之優惠存款帳戶不適用）辦理，只要在綜合所得稅電子結算申報繳稅系統、稅額試算服務線上登錄回復系統、稅額試算退稅確認申報書或人工填寫結算申報書「利用存款帳戶退稅」欄位上，鍵入或填妥存款帳戶資料（含金融機構總機構、分支機構名稱、總行代號、帳號、存款人姓名及身分證統一編號等填寫清楚；若係郵局存款帳戶，請將局號、帳號填寫清楚)，國稅局於退稅日即直接將應退稅款轉帳撥入您指定的存款帳戶，免去您往返銀行領取退稅款之麻煩，既方便又安全，請多加利用。
2.未利用存款帳戶退稅或退稅款無法轉入存款帳戶者：
國稅局會直接寄送退稅憑單（支票）或退稅通知，受退稅人收到國稅局填發之退稅憑單，如有劃線者，應於兌領期限內利用金融機構或郵局的存款帳戶提出交換；如未劃線者，受退稅人可攜帶退稅憑單及國民身分證、私章持向憑單正面所列付款單位領取現金。國稅局不會要求納稅義務人至自動提款機前操作或輸入任何資料。納稅義務人如接獲電話通知退稅時，應先向戶籍所在地國稅局所屬分局、稽徵所或服務處洽詢，以免受騙。
 (二)非以個人名義開立之存款帳號，不得利用該帳戶辦理退稅。