除促進產業升級條例之租稅優惠於98年12月31日施行期滿外，目前公司尚可適用之租稅優惠有資源回收再利用法(第23條第2項)、發展觀光條例(第50條)、生技醫藥產業發展條例(第5條、第6條及第7條)(110年12月30日修正公布前生技新藥產業發展條例第5條及第6條)、促進民間參與公共建設法(第36條、第37條及第40條)、獎勵民間參與交通建設條例(第28條、第29條及第33條)、產業創新條例(第10條、第10條之1、第10條之2、第12條之1、第23條之3)、文化創意產業發展法(第27條、第27條之1)、都市更新條例(第70條)、新市鎮開發條例(第14條及第24條)、電影法第7條(104年6月10日修正公布前電影法第39條之1)、中小企業發展條例(第35條、第35條之1及第36條之2)、自由貿易港區設置管理條例(第29條)、國際機場園區發展條例(第35條)、運動產業發展條例(第25條、第26條之2)、後備軍人召集優待條例(第8條)及嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例(第4條)。以下茲就較常用之租稅優惠如何申請說明之：
(一)產業創新條例之研究發展支出投資抵減：
1.產業創新條例第10條規定，公司或有限合夥事業投資於研究發展之支出金額自105年1月1日起得選擇以下列方式之一抵減應納營利事業所得稅額，一經擇定不得變更，但仍以不超過當年度應納營利事業所得稅額30%為限：
(1)於支出金額15%限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額。
(2)於支出金額10%限度內，自當年度起3年內抵減各年度應納營利事業所得稅額。抵減方式應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時擇定，在當年度結算申報期間屆滿後不得變更。
2.產業創新條例第10條授權訂定之「公司或有限合夥事業研究發展支出適用投資抵減辦法」(以下簡稱研發投抵辦法)第14條規定，公司或有限合夥事業申請適用該研發投資抵減者，應於辦理當年度結算申報期間開始前3個月起至截止日內，檢具有關文件，向中央目的事業主管機關（以下簡稱事業主管機關）申請就其資格條件及當年度研究發展活動是否符合第2條至第4條規定提供審查意見。
3.公司或有限合夥事業若有(1)專為用於研究發展所購買或使用之專用技術之當年度攤折或支付費用；(2)專為用於研究發展所購買之專業性或特殊性資料庫、軟體程式及系統之費用；(3)委託國外大專校院或研究機構研究，或聘請國外大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用；(4)公司或有限合夥事業與國內外公司、大專校院或研究機構共同研發等之支出，須申請專案認定，並應與研究發展活動提供審查意見之申請案併案向中央目的事業主管機關提出申請。
4.專用技術及公司或有限合夥事業與國內外公司、大專校院或研究機構共同研發之支出，逾期未提出專案認定申請者，得於費用之攤折或分攤年限內依前述規定期限提出，經核准者，其尚未攤折或分攤之支出自提出申請之前一年度起適用。
5.公司或有限合夥事業從事研究發展支出申請適用投資抵減者，除於規定期限內向事業主管機關申請外，尚應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，填報營利事業所得稅結算申報書（租稅減免部分）第A3頁、第A10-1頁及第A15-2頁，並檢附規定文件，送請公司或有限合夥事業所在地之稅捐稽徵機關核定其投資抵減稅額。如填報之資料有疏漏，得於所得稅法規定申報期限屆滿前補正；其逾期未補正者，稅捐稽徵機關得不予受理。
(二)中小企業發展條例之研究發展支出投資抵減：
1.中小企業發展條例第35條規定，中小企業之公司(以下簡稱中小企業)得選擇以下列方式之一抵減應納營利事業所得稅額，並以不超過該中小企業當年度應納營利事業所得稅額30%為限：
(1)於支出金額15%限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額。
(2)於支出金額10%限度內，抵減自當年度起3年內各年度應納營利事業所得稅額。
抵減方式應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時擇定，在當年度結算申報期間屆滿後不得變更。
2.中小企業發展條例第35條授權訂定之「中小企業研究發展支出適用投資抵減辦法」(以下簡稱中小企業研發投抵辦法)第12條規定，中小企業申請適用該研發投資抵減者，應於辦理當年度結算申報期間開始前3個月起至截止日內，檢具有關文件，向中央目的事業主管機關（以下簡稱事業主管機關）申請就其資格條件及當年度研究發展活動是否符合第2條至第4條規定提供審查意見。
3.中小企業若有(1)專為用於研究發展所購買或使用之專用技術之當年度攤折或支付費用；(2)專為用於研究發展所購買之專業性或特殊性資料庫、軟體程式及系統之費用；(3)委託國外大專校院或研究機構研究，或聘請國外大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用；(4)中小企業與國內外公司、大專校院或研究機構共同研發等之支出，須申請專案認定，並應與研究發展活動提供審查意見之申請案併案向中央目的事業主管機關提出申請。
4.專用技術及中小企業與國內外公司、大專校院或研究機構共同研發之支出，逾期未提出專案認定申請者，得於費用之攤折或分攤年限內依前述規定期限提出，經核准者，其尚未攤折或分攤之支出自提出申請之前一年度起適用。
5.中小企業從事研究發展支出申請適用投資抵減者，除於規定期限內向事業主管機關申請外，尚應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，填報營利事業所得稅結算申報書（租稅減免部分）第A3頁、第A10頁及第A15-3頁，並檢附規定文件，送請公司所在地之稅捐稽徵機關核定其投資抵減稅額。如填報之資料有疏漏，得於所得稅法規定申報期限屆滿前補正；其逾期未補正者，稅捐稽徵機關得不予受理。
(三)生技醫藥產業發展條例之研究發展支出投資抵減：
1.公司從事研發製造新藥、新劑型製劑、高風險醫療器材、再生醫療、精準醫療、數位醫療、專用於生技醫藥產業之創新技術平台及其他策略生技產品，得在投資於研究與發展支出金額25%限度內，自有應納營利事業所得稅之年度起5年內抵減各年度應納營利事業所得稅額。其每一年度得抵減總額，以不超過該生技醫藥公司當年度應納營利事業所得稅額50%為限。但最後年度抵減金額，不在此限。
2.公司符合生技醫藥公司審定辦法第2條第1項第1款規定之要件者，得檢具相關文件，向經濟部申請審定為生技醫藥公司；經審定為生技醫藥公司者，經濟部核發生技醫藥公司之審定函自核發之次日起5年內有效，屆期失其效力，且有效期間不得逾中華民國120年12月31日。
3.取得審定函之生技醫藥公司，如經查核發現其於審定函有效期間內，有不符合生技醫藥公司審定辦法第2條第1項第1款第2目、第3目所訂之比例及人數者，依同辦法第4條第3項規定，經濟部得邀請第2條第2項機關代表及學者專家再行確認後，撤銷或廢止該審定函。
4.生技醫藥公司有下列之支出者，於費用發生當年度之營利事業所得稅結算申報期間開始前3個月起至申報期間截止日內，向經濟部提出專案認定申請，經核准者，自有應納營利事業所得稅之年度起抵減之；逾期提出申請者，不予受理。
(1)委託國外大專校院或研究機構研究，或聘請國外大專校院專任教師或研究機構研究人員之費用。
(2)為生技醫藥上市而委託國外醫藥研發服務公司從事臨床前及臨床試驗之費用。
(3)其他研究與發展之支出。
5.公司應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，檢附經濟部核發之生技醫藥公司審定函，填報營利事業所得稅結算申報書（租稅減免部分）第A3頁、第A10頁及第A15-1頁，並檢附規定文件，送請公司所在地之稅捐稽徵機關核定其投資抵減稅額。如填報之資料有疏漏，得於所得稅法規定申報期限屆滿前補正；其逾期未補正者，稅捐稽徵機關得不予受理。
(四)股東投資抵減：
公司創立或擴充若符合生技醫藥產業發展條例(第7條) (110年12月30日修正公布前生技新藥產業發展條例第6條)、促進民間參與公共建設法(第40條)、獎勵民間參與交通建設條例(第33條)及電影法(第7條)之規定，申請以股東投資抵減，抵減股東當年度營利事業所得稅者，應取得公司所在地稅捐稽徵機關核發之股東投資抵減證明書，並於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，檢附股東投資抵減證明書正本一併申請之。
(五)機器、設備及技術投資抵減：
1.公司若符合促進民間參與公共建設法(第37條)、獎勵民間參與交通建設條例(第29條)、新市鎮開發條例(第14條)之規定，申請以機器、設備及技術投資抵減，抵減當年度營利事業所得稅者，應事先取得事業主管機關核發機器、設備及技術投資抵減證明書，並於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時，檢附自動化機器、設備及技術投資抵減證明書正本及購買之相關憑證一併申請之。
2.產業創新條例之智慧機械與第五代行動通訊系統及資通安全產品或服務投資抵減：
(1)公司或有限合夥事業若符合產業創新條例第10條之1，自108年1月1日起至113年12月31日止投資於自行使用之全新智慧機械、投資於導入第五代行動通訊系統或自111年1月1日起至113年12月31日止投資於資通安全產品或服務之相關全新硬體、軟體、技術或技術服務，其支出金額在同一課稅年度內合計達新臺幣100萬元以上、10億元以下之範圍，得選擇以下列方式之一抵減應納營利事業所得稅額，並以不超過申請人當年度應納營利事業所得稅額30%為限：
①於支出金額5%限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額。
②於支出金額3%限度內，自當年度起3年內抵減各年度應納營利事業所得稅額。
抵減方式應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時擇定，於當年度結算申報期間屆滿後不得變更。
(2)產業創新條例第10條之1授權訂定之「公司或有限合夥事業投資智慧機械與第五代行動通訊系統及資通安全產品或服務抵減辦法」第12條規定，公司或有限合夥事業於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前4個月至申報期間截止日前，依經濟部建置之申辦系統格式，完成登錄並成功上傳投資計畫及申請適用投資抵減之支出項目有關證明文件，同時於當年度結算申報期間屆滿前，依規定格式填報營利事業所得稅結算申報書（租稅減免部分）第A3頁、第A10-1頁及第A14頁，及檢附相關文件，送請公司或有限合夥事業所在地之國稅局核定其投資抵減稅額。申請人於當年度結算申報期間屆滿前未依規定格式填報者，逾期不得適用投資抵減。填報之資料如有疏漏，經稅捐稽徵機關通知補正，屆期未補正者，稅捐稽徵機關應不予受理。
3.生技醫藥產業發展條例之機械設備投資抵減：
(1)公司若符合生技醫藥發展條例第6條，投資於生產製造所使用之全新機械、設備或系統，其支出金額在同一課稅年度內合計達新臺幣1,000萬元以上、10億元以下之範圍，得選擇以下列方式之一抵減應納營利事業所得稅額，並以不超過申請人當年度應納營利事業所得稅額30%為限：
①於支出金額5%限度內，自有應納營利事業所得稅之年度起，抵減當年度應納營利事業所得稅額。
②於支出金額3%限度內，自有應納營利事業所得稅之年度起，3年內抵減各年度應納營利事業所得稅額。
抵減方式應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報時擇定，於當年度結算申報期間屆滿後不得變更。
(2)生技醫藥產業發展條例第6條授權訂定之「生技醫藥公司投資機械設備或系統適用投資抵減辦法」第10條規定，生技醫藥公司於辦理投資當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前4個月起至申報期間截止日內，依經濟部建置之申辦系統格式，完成登錄並成功上傳生技醫藥公司審定函、投資計畫及申請適用投資抵減之支出項目有關證明文件，完成申辦作業。
(3)生技醫藥公司依前開辦法第12條規定，應自投資年度起至抵減年度止，於辦理各該年度營利事業所得稅結算申報時，依規定格式填報，並依下列期限及程序辦理：
①應於辦理投資當年度營利事業所得稅結算申報時，檢附規定之文件，送請所在地稅捐稽徵機關核定其適用投資抵減之支出數額。
②自有應納營利事業所得稅之年度起，應於辦理該年度營利事業所得稅結算申報時，就各投資年度之支出金額分別擇定抵減方式，送請所在地稅捐稽徵機關核定其投資抵減稅額；申報無應納營利事業所得稅額，經稅捐稽徵機關核定有應納營利事業所得稅額者，應自核定稅額通知書送達之次日起6個月內，依規定格式填報並擇定抵減方式，送請所在地稅捐稽徵機關核定其抵減稅額。抵減方式一經擇定不得變更。
③抵減當年度營利事業所得稅時，應按投資年度順序，依序抵減。                                        
(4)生技醫藥公司於辦理投資年度或擇定抵減方式年度之營利事業所得稅結算申報時，未於結算申報期限內依規定格式填報者，不得適用投資抵減；其餘年度未於規定期限內依規定格式填報，經稅捐稽徵機關通知補正，屆期未補正者，該年度不得適用投資抵減；如填報之資料有疏漏，經稅捐稽徵機關通知補正，屆期未補正者，稅捐稽徵機關應不予受理。
(六)公司或有限合夥事業以未分配盈餘進行實質投資可列為未分配盈餘減除項目：
1.公司或有限合夥事業自辦理107年度未分配盈餘加徵營利事業所得稅申報起，因經營本業或附屬業務所需，於當年度盈餘發生年度之次年起3年內，以該盈餘興建或購置供自行生產或營業用之建築物、軟硬體設備或技術(不包含購買土地及非屬資本支出之器具與設備)達100萬以上(減除政府補助款後)之資本支出，該投資金額於依所得稅法第66條之9規定計算當年度未分配盈餘時，得列為減除項目免加徵5%營利事業所得稅。
2.公司或有限合夥事業依規定辦理未分配盈餘申報(或更正)時，應依規定格式填報營利事業所得稅結算申報書(租稅減免部分)第A10-1頁及A30頁，並檢附投資證明文件送所在地之稅捐稽徵機關。
(七)嚴重特殊傳染性肺炎員工防疫隔離假薪資費用加倍減除:
1.依嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例第3條及第4條規定，機關（構）、事業單位、學校、法人、團體給付員工因集中(居家)檢疫或隔離，或為照顧生活不能自理之受隔離或檢疫家屬而請防疫隔離假期間請之薪資、或給付員工依中央流行疫情指揮中心指揮官所為應變處置指示而得請假期間之薪資，得就該薪資金額之200%，自申報當年度所得稅之所得額中減除。
2.依中央流行疫情指揮中心指揮官所為應變處置指示而得請假包含防疫照顧假或疫苗接種假(自112年5月1日起停止適用防疫隔離假及疫苗接種假)。所稱防疫照顧假，係指員工於家屬因疫情停課、托嬰中心、居家托育服務或早期療育機構停止收托、社區式長照機構及身心障礙者日間照顧暫停服務、庇護性就業之身心障礙者因疫情影響致無法工作期間、滿12歲至18歲學生接種BNT疫苗後有不良反應得申請疫苗假期間，有親自照顧需求而得申請之假別；疫苗接種假係指自110年5月5日起，員工為接種疫苗或為避免接種發生不良反應，自接種之日起至接種次日24時止而得申請之假別。
3.員工因確診嚴重特殊傳染性肺炎(COVIE-19)，經主管機關通知居家照護、收治或隔離治療，雇主給付員工確診COVID-19隔離治療請假期間之薪資超過勞動基準法工資給付標準或勞雇雙方約定金額者，得依嚴重特殊傳染性肺炎防治及紓困振興特別條例第4條第1項規定，就該超過部分金額之200%，自申報當年度所得稅之所得額中減除。財政部112年9月15日台財稅字第11200604860號令發布時，尚未核課確定案件，得於112年12月31日以前，檢附佐證資料申請適用相關規定。
4.前述給付員工之薪資金額已適用其他法律規定之租稅優惠者,不適用前項規定。
5.公司欲申請員工防疫隔離假薪資費用加倍減除之租稅優惠者,依「嚴重特殊傳染性肺炎員工防疫隔離假薪資費用加倍減除辦法」,應於辦理當年度營利事業所得稅結算、決算或清算申報時,檢具薪資金額證明、計算明細表及相關證明文件,送請公司或商業登記所在地之稅捐稽徵機關核定加倍減除營利事業所得稅之數額,並填報營利事業所得稅結算申報書(租稅減免部分)第A10-1頁及第A31頁。如填報之資料有疏漏,經稅捐機關通知補正,屆期未補正者,稅捐稽徵機關應不予受理。
（八）營利事業捐贈職業或業餘運動業與重點運動賽事專戶及捐贈費用加成減除:
1.依運動產業發展條例第26條之2規定，中央主管機關（教育部）為促進職業或業餘運動業及重點運動賽事之發展，得設置專戶，辦理營利事業捐贈有關事宜。相關規定如下:
(1)營利事業透過專戶對經教育部認可之職業或業餘運動業之捐贈，於申報所得稅時，得在捐贈金額新臺幣1,000萬元額度內，按該金額之150%，自其當年度營利事業所得額中減除。但營利事業與受贈之職業或業餘運動業間具有關係人身分者，在前開限額內，僅得按其捐贈金額100%，自其當年度營利事業所得額中減除。捐贈金額超過1,000萬額度部分，不得適用運動產業發展條例第26條、所得稅法第36條及其他法律有關捐贈費用列報之規定。
(2)營利事業透過專戶對經中央主管機關專案核准之重點職業或業餘運動業，及經中央主管機關公告之重點運動賽事主辦單位之捐贈，於申報所得稅時，得全數按捐贈金額之150%，自其當年度營利事業所得額中減除，不受前項新臺幣1,000萬元額度及但書之限制。
(3)營利事業依規定得減除之金額，以減除當年度依所得稅法第24條規定計算之所得額至零為限；依前開所得稅法規定計算所得額已為負數者，不得適用加成減除。
(4)營利事業同一筆捐贈費用得選擇依運動產業發展條例第26條或第26條之2規定減除，一經擇定不得變更。
2.營利事業透過專戶對受贈對象捐贈者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算或決算申報時，依規定格式填報，並檢附教育部核發之捐贈收據及相關文件，由營利事業所在地稽徵機關核定其數額。
（九）員工接受召集請假期間薪資費用加成減除:
1.依後備軍人召集優待條例規定，後備軍人接受召集期間，其所屬機關（構）、事業單位、學校、法人、團體應給予公假，薪資照給。各機關團體給付員工請假期間之薪資金額，依下列方式自其當年度所得額中減除：
(1)屬應辦理營利事業所得稅結算、決算或清算申報者，得就其給付薪資金額150%，自當年度營利事業所得額減除。
(2)屬應辦理綜合所得稅結算申報之執行業務者、私人辦理補習班、幼兒園及養護、療養院（所），得就其給付薪資金額150%，於核實計算申報當年度執行業務所得或其他所得中減除。
2.各機關團體給付員工請假期間之薪資金額，應以稅捐稽徵機關核定數為準，且已適用其他法律規定之租租優惠者，不得重複適用。
3.各機關團體依規定得減除之金額，以減除當年度依所得稅法第14條第1項第2類、第10類或第24條規定計算之所得額至零為限；依前開所得稅法規定計算所得額已為負數者，不得適用加成減除。