1.營利事業所得稅結算申報書資料使用網路申報作業，悉依財政部發布之「營利事業所得稅電子結(決)算及清算申報作業要點」有關規定辦理。
2.營利事業經由網際網路辦理營利事業所得稅結算申報，須依規定申請網路申報身分認證，認證方式有下列2種：
(1)簡易電子認證方式：
A.請由財政部電子申報繳稅服務網站(網址：https://tax.nat.gov.tw)，點選「密碼申請」，輸入營利事業統一編號及負責人、代表人或管理人身分證統一編號後，依序鍵入相關資料完成密碼申請。
B.申報單位如遺忘密碼，可線上申請「密碼提示」，依提示之項目輸入資料，如經比對與系統之基本資料相符，則系統將傳送密碼至申報單位E-MAIL帳號內供使用。
C.已申請簡易電子認證密碼者（含各類所得扣(免)繳及股利憑單資料申報、營利事業所得稅暫繳申報、營業稅申報）毋需再申請。
(2)工商憑證IC卡：
向經濟部工商憑證管理中心網站(網址：https://moeaca.nat.gov.tw)申請工商憑證IC卡。
3.營利事業可至財政部電子申報繳稅服務網站下載申報軟體建檔、列印、審核及上傳申報資料。申報資料申報前應先以審核程式審核無誤後，再行辦理網路申報，如經檢核有誤，應於更正資料後再行辦理申報。申報單位應於每年5月1日起至5月31日（當日24時前）止（5月31日若為例假日，順延），向該網站上傳申報資料，經檢核無誤者，即由各地區國稅局委託之網際網路服務業者受理收件配賦收件編號，並回傳確認收件訊息。採特殊會計年度制網路申報開放期間為1月1日至12月31日，惟逾期結算申報案件不可使用網際網路辦理申報。
4.營利事業完成網路申報後，應於6月30日前（採特殊會計年度者應於申報期限屆滿前）將加蓋營利事業及負責人、代表人或管理人章之申報書附件資料封面及相關附件等資料（請儘量以A4紙張規格列印並依順序裝訂）紙本或經掃描後以光碟片代替紙本寄交所在地之國稅局分局、稽徵所或服務處，如為會計師簽證案件，封面並須經會計師簽章，併同資產負債表及經會計師簽章之損益及稅額計算表、營利事業所得基本稅額申報表、未分配盈餘申報書與會計師簽證報告書寄交；前述資料亦得於6月29日前（採特殊會計年度者應於申報期限屆滿前），透過營利事業所得稅電子結（決）算申報繳稅系統軟體上傳提供。但申報案件非採用會計師查核簽證或使用藍色申報書，且無營利事業所得稅結算申報書附件目錄表項次5、7及8所列文件、財產目錄未採附件方式申報及未適用租稅減免相關規定者，得免送申報書表及相關附件。上開申報書表、附件資料、租稅減免證明文件及經會計師簽證核章之會計師簽證報告書之紙本（含以電子方式儲存之媒體檔），應依稅捐稽徵機關管理營利事業會計帳簿憑證辦法第25條及第27條規定妥善保存，以備稽徵機關查核。
5.符合營利事業所得稅不合常規移轉訂價查核準則第4條第1項第1款關係企業或第2款關係人者，應填寫申報書關係人交易明細表第B2頁「關係人結構圖」之第一部分：基本資料；另第二部分：本營利事業與關係人之從屬或控制關係及持股比例結構圖，併附件資料送交。
6.總機構在中華民國境內經營海運業務之營利事業，經中央目的事業主管機關核定，其海運業務收入選擇按船舶淨噸位計算營利事業所得額者，應檢附「依所得稅法第24條之4規定計算營利事業所得額之海運業務及非海運業務收入、成本、費用、損失明細表」及相關證明文件，併附件資料送交。
7.屬同一區局跨分局、稽徵所或服務處申報書資料，應依營利事業登記地分局、稽徵所或服務處別填具「營利事業所得稅結算(暫繳)申報單位明細表」1式3聯（該表電子檔置於財政部電子申報繳稅服務網站／軟體下載與報稅），送代收單位辦理（特殊會計年度結算申報案件不適用跨轄區代收申報書資料作業）。獨資合夥組織之營利事業，其營利事業投資人明細及分配盈餘表可免送交稽徵機關加蓋「收件章」，惟應依出資人人數影印「營利事業投資人明細及分配盈餘表」，俾供出資人併同辦理綜合所得稅結算申報。
8.查詢
(1)營利事業可隨時至財政部電子申報繳稅服務網站，查閱其最近一年度申報日期及收件編號。
(2)為避免產生有無申報之爭議，營利事業上傳申報資料後，請於「申報書附件資料封面」下方媒體申報書目錄內容確認所有申報頁次均已上傳，並於申報期限屆滿前上網查詢，確認是否申報成功；營利事業完成網路申報後，應檢附之資料採用網路上傳附件方式者，請上網查詢確認附件資料是否上傳成功。